斷食是改變飲食習慣，長期執行當然也會對腸道生態產生改變。在斷食的不同階段，消化道的狀態也會產生不同的變化，因為身體開始適應斷食的飲食節奏，尤其是少吃了一餐或兩餐，當然吃進去的少，排出來的也會減少。所以在食物的選擇與搭配上，應該特別注意蔬菜與高膳食纖維的食物攝取量需要提高，才能夠維持腸道消化的正常運作。
在執行間歇性斷食第一個月、第二個月、第三個月，每個人的排便狀況會因為個人的體質有不同的變化，有人初期有便秘的情況，有人第二個月排便會有沾黏的情況，所以在斷食期間注意自己的食物選擇，盡可能養成固定時間上廁所，每天觀察排便的形狀、顏色、氣味、份量 ，並且做成紀錄，這樣子你就知道身體變化的狀態。
如果身體真的有不適應，就停止斷食恢復正常飲食再觀察。但是如果沒有太大的不舒服，可以持續執行斷食一段時間，觀察排便情況是否有改善，再評估是否適合個人繼續執行。
所以在斷食期間的食物選擇需要注意以下幾點：
1、盡量多吃蔬菜與高膳食纖維的食物
2、需要補充足夠的水份
3、適當的補充益生菌
4、保持正常的生活作息